东亚首个史前鼠疫菌基因组：约5300年前鼠疫已跨欧亚大陆快速扩散

鼠疫（Yersinia pestis）在人类历史上造成了三次大流行，但它的史前起源与传播路径长期存在大量未解之谜。2026年7月24日，Nature Communications在线发表了一项由吉林大学与军事科学院军事医学研究院联合完成的重要研究，从东亚古代人类遗骸中获得了首个史前鼠疫菌基因组，并将鼠疫跨欧亚大陆快速扩散的时间线推进到了约5300年前。这项研究不仅填补了东亚地区史前鼠疫古基因组数据的空白，也为理解”鼠疫如何走出其起源地”提供了关键证据。

研究团队由吉林大学生命科学学院崔银秋教授与军事科学院军事医学研究院崔玉军研究员担任共同通讯作者，孙冰、武雅蓉、张达轩、穆凯等为共同第一作者，并联合河北省文物考古研究院、河北师范大学、辽宁大学、俄罗斯科学院物质文化史研究所等单位完成。相关工作得到国家自然科学基金、国家重点研发计划、国家社科基金等资助。

东亚首份史前鼠疫菌基因组

研究团队对欧亚大陆东部出土的约1400例古代人类遗骸进行了系统的鼠疫菌基因组筛查，这些样本的时间跨度接近8000年。经过严格筛选与建库测序，最终获得了3个史前鼠疫菌基因组：其中1个来自中国北方，是东亚地区首次获得的史前鼠疫菌基因组；另外2个来自西伯利亚地区，同样为此前未曾报道的新基因组数据。

在此基础上，研究团队将新获得的基因组与已发表的136株古今鼠疫菌基因组进行了联合系统发育分析，构建了目前分辨率最高的鼠疫菌演化框架，从而为探讨鼠疫的扩散路径与演化节奏提供了全景式的比较基础。

一个节点，三个大陆性谱系，间距超过7500公里

系统发育分析揭示了本项研究最重要的发现：斯堪的纳维亚地区、中欧地区和中国北方地区的史前鼠疫菌谱系，大约在5300年前由同一个分化节点共同演化而来。换言之，这些地理上相距极为遥远——直线距离超过7500公里——的鼠疫菌谱系，其分化发生在一个相当短的时间窗口内。

更有意思的是，来自中国北方郑家沟遗址的CY470菌株，与该分化节点的最近共同祖先仅相差5个单核苷酸多态性（SNP）。如此微小的遗传距离意味着，郑家沟菌株几乎可以被视为该”祖先节点”的直接后代，为东亚与欧洲史前鼠疫谱系同源提供了极为直接的证据。

速度估算：每年至少约33公里的扩散

研究团队进一步估算了鼠疫菌在史前欧亚大陆上的传播速率：其长距离传播速率的中位数下限约为每年32.9公里（95%置信区间为13.81至109.40公里/年）。这一速率远超啮齿动物自然扩散所能达到的水平，很难用鼠疫在野生啮齿动物种群间的自然迁移来解释。

因此，研究者提出，5300年前的鼠疫跨欧亚扩散很可能借助了人类的长距离活动：例如史前贸易网络的兴起、轮式交通工具的投入使用，乃至大规模人群迁徙。病原体可能通过感染的个体、携带跳蚤的宿主动物，或受污染的货物与物品，沿着人类的交通线路被”接力”带到远方。这一发现为”人类活动是史前病原体远距离传播的核心驱动因素”提供了古基因组学层面的支撑。

基因组”重塑”：从草原型鼠疫到蚤媒适应型鼠疫

除了传播路径，研究还深入刻画了鼠疫菌基因组在演化中的关键变化。分析显示，在LNBA+（晚期新石器—青铜时代）谱系的早期演化阶段，集中出现了ymt基因的获得，以及一系列基因的失活与丢失事件。ymt基因被认为与鼠疫菌在跳蚤肠道内的定殖和传播能力密切相关。

这些基因层面的改变提示，后期以蚤媒传播为特征的鼠疫菌谱系的形成，并非一次性事件，而是在早期谱系基础上经历了多轮基因组”重塑”。基因获得、基因失活与基因丢失的叠加，共同塑造了鼠疫菌从啮齿动物直接传播的”草原型”，向依靠跳蚤媒介高效传播的”流行型”过渡的演化路径。

为什么这项研究重要？

在过去十年中，史前鼠疫的古基因组研究主要集中在欧洲与西伯利亚，东亚地区始终处于空白。本研究的突破性意义在于：

第一，首次将东亚纳入史前鼠疫古基因组研究的全球框架，证明约5300年前鼠疫菌已经在包括中国北方在内的欧亚大陆广泛传播；第二，以郑家沟菌株为支点，把东亚与欧洲的史前鼠疫谱系”焊接”在了同一个演化节点上；第三，为史前人群长距离互动（贸易、交通、迁徙）提供了病原体层面的独立证据——遗传学之外，考古学关于欧亚草原青铜时代”车轮与贸易”的讨论，在此获得了分子生物学回应。

从更广的视野看，这项研究也提示：病原体的扩散史，本质上是一部人类活动史。理解鼠疫如何”搭乘”史前人类的脚步走出草原，不仅有助于还原疾病演化的原貌，也对今天评估人畜共患病在全球交通网络下的传播风险具有启示意义。

参考文献与来源

论文原文：A prehistoric East-Asian Yersinia pestis genome and a ~5.3 ka trans-Eurasian expansion of plague. Nature Communications, 2026. https://www.nature.com/articles/s41467-026-75911-y

相关报道：吉林大学新闻中心《东亚首个史前鼠疫菌基因组揭示约5300年前的跨欧亚大陆快速扩散》。

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